En un poble de la Mixteca d’Oaxaca, tres històries s’entrellacen durant la celebració del sant patró. María, Esteban i Toña tornen des de llocs diferents al seu poble natal, San Mateo, el mateix poble on també va néixer i créixer la directora. Els dolors, els records i les resistències de la directora i dels seus personatges s’entreteixeixen en la representació d’una comunitat que es regeix per les seves pròpies normes i costums. Nudo mixteco s’apropa a aquest món emocional a través de les sexualitats femenines, les subjectivitats davant allò que és col·lectiu, les masculinitats, la idea de comunitat o els efectes de la migració en aquesta comunitat indígena del sud de Mèxic.